本院於2004年4月改制為臺大醫院雲林分院，適逢當時台灣的愛滋疫情在2004年至2006年幾年間因靜脈藥癮者共用針頭等因素造成病毒傳播而急遽增加，且超過90%為毒癮者，眾多個案當時因毒品相關問題在監獄內服刑，在這樣突如其來的愛滋疫情下，本院擔負起社會責任快速應變，自2005年4月加入「後天免疫缺乏症候群指定醫療機構」，為當時雲林及嘉義唯一而且第一成立的愛滋病指定醫院，並且承接監獄愛滋門診醫療與監獄衛教活動，為愛滋受刑人提供完整的服務。在這17年愛滋照顧之歷程中，我們也承接了愛滋個案管理計劃以及匿名篩檢計劃等多項任務及計劃，以個案管理、諮商關懷等方式為個案提供高品質的照護，本著院方「正直誠信、創新卓越、團隊合作、健康尊嚴、尊重關懷」之核心價值觀，團隊不斷努力加強愛滋照護品質於結構面、過程面等之成效，目標為提供感染者全人化照護，團隊會持續努力往前邁進。
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