馬偕兒癌團隊為提升兒童癌症醫療品質，於2012年發表運用團隊資源管理，首創以結合醫師、護理師、社工師、關懷師，以互助、合作為導向的團隊建構照護模式，使兒癌新診斷病童在住院後，立即能獲得適切的全面照顧，獲選醫策會實踐營最有價值團隊；並在2013年臺北市政府衛生局醫療安全品質提升競賽中榮獲銅獎殊榮，同時獲選「第一屆華人地區醫務社會工作研討會」海報發表。
自2014年起，馬偕兒童醫院率全國之先，設立專責兒癌個案管理師及兒童癌症委員會，建立最完整的兒童急性骨髓性白血病個案管理及諮詢服務，提供全國第一的優質服務。在2014年將營養師納入團隊照護；2015年，結合心理師加強心理層面照護，提高醫療照顧品質。2019年，馬偕兒癌團隊以兒童急性淋巴性白血病跨領域團隊治療為主題，獲國家生技品質SNQ認證銀牌獎，為亞洲第一團隊。
2020年，馬偕兒癌團隊成立兒童腦瘤團隊，開設每週一次兒童腦瘤整合門診、每週定期舉辦兒童腦瘤整合會議，服務兒童腦瘤病人。在兒童腦瘤整合會議中邀請病童家長和各職系專家一同討論，充分說明病童病情以及治療計畫。2021年，首開全國先例成立兒童血液腫瘤科牙科門診、兒童血液腫瘤科眼科門診、兒童血液腫瘤科復健門診、兒童血液腫瘤科營養門診，提供兒童癌症病童更全方位優質的診療服務。
2022年，馬偕兒童醫院成立兒童安寧病室，並由兒童安寧勞萱之醫師專責照顧，集合兒癌團隊成員及音樂治療師等人，共同為末期兒癌病童及家庭提供更為完整的兒童安寧醫療照顧。
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