本單位乃於1975年因應海軍潛艦戰隊之成軍而設立，是國內潛水醫學與高壓氧治療的發源地。具有全國唯一的模擬深海潛水訓練艙，及全國最大的高壓艙，高壓艙可與船艦上減壓子艙接合，提供嚴重減壓症患者立即且持續之治療。本院潛水醫學部(高壓氧科)是國內潛水訓練與治療併行，且實施最早也最久的院所，本部醫師不僅有資深潛水醫學與高壓氧專科醫師，亦各自有職業醫學、家庭醫學、神經內科等專業，積極參與民間社團及學術團體，投入潛水相關職業病的防治等，獲得社會的肯定。
本科服務一般民眾與軍方潛水(艦)弟兄，業務分為臨床高壓氧治療與潛水人員試壓(耐氧)體檢，以及海軍潛水(艦)人員之選兵、軍事潛水訓練、潛水醫療後援等任務。本科有兩個多人高壓氧治療艙與兩個單人治療艙，因艙數多元，可以彈性排程，降低交叉感染風險，因此在covid-19疫情襲擊期間，本科仍可在保護病患安全狀況下，維持服務量能。
2024年新的潛水生理大樓落成後，飽和潛水訓練艙亦將建置完成，本中心將配合國軍水下作業弟兄進行飽和潛水訓練之際提供醫療後勤服務，除了擴展我國海軍水下作戰與救援之能量外，亦將開啟本土自主飽和潛水訓練之新紀元。 |
