2019年底全球COVID-19新型冠狀病毒大流行，為預防及阻斷新冠病毒在社區擴散，本院區成立三階段抗新冠病毒任務並主責協助北區集中檢疫所及承接防疫旅館輔導業務運作：
第一階段檢疫：2020年1月31日至2021年5月14日 (1~2級警戒)
提供檢疫者生活隔離空間，衛生組醫療人員進駐作為社區防疫前哨站，保障個人安全和健康，避免社區疫情傳播。
第二階段防疫：2021年5月15日至7月26日 (3級警戒)
保留有限的急性醫療資源給真正有需要已被確診的陽性病人，達到檢疫與急性醫療的分流。
第三階段整合：2021年7月27日至2022年迄今 (檢疫+防疫期)
持續配合臺北市政策進行檢疫和防疫。輔導防疫旅館感控作業，符合感控標準及確保工作人員安全。做為臺北市防疫旅館堅強後盾，擔任防疫旅館醫療支援。後疫情時代持續防疫轉型，與病毒共存讓3C6T照護精神永續發展。
本院區集中檢疫所設立3C6T照護模式，讓檢疫者安心入住(Carful)、入住檢疫所後能在跨團隊工作人員細心(Concern)照護下安全渡過檢疫期、採檢為陰性時，放心(Confidence)的離開檢疫所；檢疫所任務編組為安全、衛生、後勤組，建構檢疫所完善6T服務：團隊安全(Team security)、管理完善(Tackle everything)、關懷照護(Tender-care)、視訊診療(Telehealth)、送藥服務(Transmit medication)、心理支持(Take rest)跨團隊專業服務，提供完善照護服務模式。
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